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DOCTEUR DE L'UNIVERSITE MONTPELLIER II Section Ecole Doctorale : Sciences des P

DOCTEUR DE L'UNIVERSITE MONTPELLIER II Section Ecole Doctorale : Sciences des Procédés APPORTS DE LA MODELIS COMPREHENSIO APPLICATION A DES BA M. Philippe Lemenceau M. Jean-Christophe Poggiale M. Jean-Jacques Godon M. Jérôme Harmand M. Antoine Sciandra Mme Tatiana Vallaeys M. Denis Dochain UNIVERSITE MONTPELLIER II SCIENCES ET TECHNIQUES DU LANGUEDOC T H E S E pour obtenir le grade de DOCTEUR DE L'UNIVERSITE MONTPELLIER II Section : Biotechnologie et Microbiologie Sciences des Procédés – Sciences des aliments présentée par Maxime Dumont PPORTS DE LA MODELISATION DES INTERACTIONS POUR UNE COMPREHENSION FONCTIONNELLE D’UN ECOSYSTEME APPLICATION A DES BACTERIES NITRIFIANTES EN CHEMOSTAT soutenue le 18 décembre 2008 JURY M. Philippe Lemenceau directeur de recherche INRA, Christophe Poggiale professeur UMR CNRS 6117, rapporteur Jacques Godon directeur de recherche INRA, directeur de thèse chargé de recherche INRA, directeur de thèse directeur de recherche UMR Mme Tatiana Vallaeys professeur UMR 5119 Ecolag, professeur Université de Louvain, examinateur UNIVERSITE MONTPELLIER II SCIENCES ET TECHNIQUES DU LANGUEDOC DOCTEUR DE L'UNIVERSITE MONTPELLIER II Sciences des aliments NS POUR UNE UN ECOSYSTEME, EN CHEMOSTAT ecteur de recherche INRA, rapporteur professeur UMR CNRS 6117, rapporteur che INRA, directeur de thèse INRA, directeur de thèse UMR 7093, examinateur professeur UMR 5119 Ecolag, présidente du jury professeur Université de Louvain, examinateur 2 3 UNIVERSITE MONTPELLIER II SCIENCES ET TECHNIQUES DU LANGUEDOC T H E S E pour obtenir le grade de DOCTEUR DE L'UNIVERSITE MONTPELLIER II Section : Biotechnologie et Microbiologie Ecole Doctorale : Sciences des Procédés – Sciences des aliments présentée par Maxime Dumont APPORTS DE LA MODELISATION DES INTERACTIONS POUR UNE COMPREHENSION FONCTIONNELLE D’UN ECOSYSTEME, APPLICATION A DES BACTERIES NITRIFIANTES EN CHEMOSTAT soutenue le 18 décembre 2008 JURY M. Philippe Lemenceau directeur de recherche INRA, rapporteur M. Jean-Christophe Poggiale professeur UMR CNRS 6117, rapporteur M. Jean-Jacques Godon directeur de recherche INRA, directeur de thèse M. Jérôme Harmand chargé de recherche INRA, directeur de thèse M. Antoine Sciandra directeur de recherche UMR 7093, examinateur Mme Tatiana Vallaeys professeur UMR 5119 Ecolag, présidente du jury M. Denis Dochain professeur Université de Louvain, examinateur 4 5 REMERCIEMENTS REMERCIEMENTS REMERCIEMENTS REMERCIEMENTS Voilà !! Nous y sommes !... La thèse achevée, la soutenance effectuée… Une page se tourne, l’aventure narbonnaise touche à sa fin et avec elle les huit années d’études qui ont conduit à ce manuscrit… Puisqu’on parle d’études, je voudrais tout d’abord remercier les profs (au sens large) qui m’ont tant apporté durant toutes ces années (non, non, cela n’a rien à voir avec le fait que je sois un fils de profs !!). • Merci à cette prof de bio dont je ne connais ni le nom ni le prénom et que j’ai détesté durant de nombreuses semaines, voir de nombreux mois, pour m’avoir recalé d’un point au bac ! Sa clairvoyance m’étonnera toujours, sans elle cette thèse n’existerait pas. • Merci à Bernard Calvez et à tous les profs de l’IUT Génie Biologique de Lyon pour leurs enseignements si passionnants même s’il est vrai que j’en ai raté quelques’ un ! Quelle idée aussi de mettre des cours le vendredi matin alors que les soirées étudiantes sont le jeudi soir !!!... • Merci à Jérôme Boissier, Olivier Vernaux, André Théron, Guillaume Mitta, Anne Rognon, Hélène Moné, Richard Galinier, Jean-François Allienne et Claude Combes du Centre de Biologie et d’Ecologie Tropicale et Méditerranéenne de Perpignan. Les deux stages de six mois passés à vos côtés ont été extraordinaires ! Je sais tout ce que je vous dois et vous en serais éternellement reconnaissant. • Merci à Jean-Jacques Godon, Jérôme Harmand, Alain Rapaport, Claude Lobry, Patrice Loisel, Jean-Philippe Steyer, Jérôme Hamelin, Nicolas Bernet, Valérie Bru, Eric Latrille, Emmanuelle Zumstein, Eric Trably, Nathalie Wery et Frédéric Mazenc, pour toutes les connaissances que vous m’avez apporté durant ces trois années passées au Laboratoire des Biotechnologies de l’Environnement de Narbonne. • Merci à Sylvie Farine, Nadine Le Thinh, Annie Vidal et Véronique Maugenet pour votre bonne humeur permanente et pour avoir su me guider à travers les méandres de l’administration !! Toutes ces années n’auraient pas été si agréables et si enrichissantes sans les nombreux liens d’amitiés qui se sont noués au fil du temps. 6 • Merci aux Mâconnais : Marco, Matthieu, Paul, Yann… Depuis le collège, que de chemin parcouru !! Finalement, on ne s’en sort pas si mal pour les cancres qu’on était !!!... • Merci à Aurélie et Yann pour les deux années passées à vos côtés… Je garderai éternellement en mémoire toutes nos virées lyonnaises ainsi que la magnifique rue Paul Ricard des Saintes Marie de la Mer !!... • Merci à mes amis de la licence pro de Reims : Jérôme, Willy, Mama, Laure qui m’ont permis de garder le cœur au chaud malgré la froideur du nord ! Sans vous, il n’aurait pas été possible de tenir toute une année là-haut !!!... • Merci aux trois mousquetaires du DEA de Parasitologie de Montpellier : Tit Math, Bertrand, Paulo pour toutes ces soirées passées à parler Ecologie et Evolution en y mêlant la politique bien évidement !! Merci également à Anne et Arthur pour votre douceur et votre gentillesse incomparable. • Merci aux amis du LBE : Guérémite (vive l’anarchie !!), Matthieu M. (prends soin des belles affiches de notre bureau !!), Maialen (Aloha !!! Ce mot te va si bien !), Alexis (arrête le sport, c’est trop dangereux !!), Matthieu L. (Merci d’être là, somewhere in the world !! hein ?!!! Quoi ?!!!!), Bruno (vive rue89, les algues et les bactéries !!), Brunéo (courage l’ami !!!), Sarah (courage à toi aussi !!), Olivier Z. (prochain road trip au Chili mais toujours sur fond de Joe Dassin !!!), Olivier L.G. (à quand la Bretagne libre ?!!!), Romy-Alice et Seb (c’est fou !!! Avoir une ludothèque pareille et ne pas avoir fait un seul jeu en un an !!! D’un autre côté, boire et manger c’est bien aussi !!!), sans oublier l’inénarrable Magalou (continue d’ « envoyer du lourd » !!!!) et le toujours fatigué Yannis (quand c’est que tu prends ta carte camarade ?!!!)… • Un grand merci aux Camarades narbonnais qu’ils soient au PCF, au NPA, à la Ligue, au PG, à la CGT, à Sud, au Planning ou nul part… En particulier, un grand merci à Patric et Véro (nos longues discussions passionnantes vont me manquer et vive le calvados des copains !!), à Carmen et Jojo (il n’y a pas de mots suffisamment forts pour vous exprimer toute mon admiration), à Charles et Jeanine (on vous attend au Chili avec votre camping-car !), à Laurent (à quand un Luxembourg rouge ?!!), à Bastosse (tu as fais le bon choix…), à Roland (tes blagues continuent de résonner dans la salle de réunion !!), à Denise et Jean-Pierre (vous n’imaginez sans doute pas tout ce que vous m’avez apporté), à Luc et Manu (on se retrouvera rue Santa Fe ?!), à Marie-Pierre et Matthias (vive le Pays-Basque, les tites brebis et les olives !), à Jean-Louis (l’infatigable !), à Domi (hasta siempre !!), à Francis (« du passé faisons table rase » !...), à Alain V. (je suis sur que même à l’autre bout de la terre on entendra le son de ta voix au mégaphone !!), à Alain et Simone (la bonne humeur permanente, un rayon de soleil qui réchauffe 7 en toutes circonstances), à Christine et Yvan (merci pour les bouquins, les sourires, les clins d’œil), à Thierry (je compte sur toi pour convertir JJ et Jéjé !!!)… Je vous souhaite à tous tout plein de luttes victorieuses ! Unis par un maillage d’interactions positives, je ne doute pas que vous puissiez contribuer à faire émerger des propriétés nouvelles faites de Paix, de Solidarité, de Fraternité pour un monde meilleur !... • Un grand merci à nos chers colocs du trois cour de la Pomme ! Gros bisous à toi Cathy, durant quelque temps ça sera dur de venir frapper à ta porte pour te piquer des œufs, de la farine, du lait, du sucre !!!... Mais gardes en sous la main car on n’a pas fini de t’en demander !!!! Merci pour tes sourires, ta complicité et ta joie de vivre… Je te souhaite tout le bonheur du monde, tu le mérite tant !... Gros bisous à toi Romain ! Tu es un mec bien, faut juste que tu descotches un peu de l’ordi !!! lol !! Allé, c’était juste pour t’embêter !!... Mes meilleures pensées de Gauche à Cloclo et à mon camarade banquier Doude (en fait, tu aurais du faire agriculteur en Bourgogne !!! Le bleu de travail t’irait si bien !!!!...). Un grand merci aussi à tous ceux qui sont venu à l’appart et qui ont marqué leur passage d’une petite création en fil de fer !!... Le meilleur pour la fin ! Un immense merci à mes parents, Dominique et Jean-Pierre… Que dire sinon que je vous aime… Vous êtes extraordinaires ! Merci à ma frangine Alexandra, à Nico, Milo et Lilou dont le bonheur sert de phare au milieu du brouillard. uploads/Science et Technologie/ these-dumont.pdf