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Création d’un système d’information pour le service des techniques culturales d

Création d’un système d’information pour le service des techniques culturales d’eRcane Effectué au Cirad du : Université de Montpellier Faculté des Sciences Rapport de stage Master 2 Informatique Spécialité : Informatique pour les sciences 02/mars/2015 au 31/août/2015 Réalisé par : BEGRICHE LILA Encadrement : Sandrine Auzoux Remerciements Mes remerciements vont tout d’abord à Sandrine Auzoux, ma tutrice de stage, pour sa confiance, son orientation et son soutien tout au long de ce travail. Mes remerciements s’adressent également à Daniel Marion, Alizé Mansuy, Jean Paillat et toute l’équipe STC d’eRcane pour leurs conseils et suivi. Mes sincères remerciements à Sébastien Paradis et François Thevenin pour leurs réponses à toutes mes questions, leurs conseils et suggestions tout au long de ce stage. Je tiens également à remercier, Jean-Baptiste Laurent pour sa contribution et conseils, Jean-François Martiné pour ses explications et réponses à mes interrogations. Je tiens aussi à remercier Marie-Laure Mugnier , ma tutrice à l’université Montpellier II, ainsi que tous les professeurs de ma discipline, chacun par son nom. Je remercie toute l’équipe Aïda pour l’agréable accueil au sein de cette unité, toutes les personnes qui m’ont aidées et soutenues, de près comme de loin, dans la réalisation de ce travail. Merci à Naima et Evelyne pour leurs lectures et pour toutes les corrections apportées à ce rapport. Enfin, je tiens à dédier ce travail à mes chers parents et à toute ma famille. Sommaire Sommaire Introduction................................................................................................................................1 Présentation de l’organisme d’accueil I. Présentation de l’organisme d’accueil..........................................................................3 I.1 Présentation du CIRAD.................................................................................................3 I.2 L’unité de recherche......................................................................................................3 I.3 L’institut eRcane...........................................................................................................4 Etude de l’existant et modélisation I. Etude de l’activité culturale..........................................................................................5 I.1 Un dispositif expérimental............................................................................................5 I.2 Un système de culture...................................................................................................5 I.3 Un itinéraire technique..................................................................................................6 I.4 La canne à sucre............................................................................................................6 I.5 Le cycle de la canne......................................................................................................7 I.6 Le flux d’information....................................................................................................7 II. Etude de l’existant.......................................................................................................8 II.1 Description de quelques fichiers de données Excel.....................................................8 II.2 Analyse des données et anomalies constatées............................................................11 III. Démarche adoptée.....................................................................................................12 III.1 Modélisation de la base de données..........................................................................12 III.2 Choix des outils de développement..........................................................................13 Analyse et conception I. Analyse......................................................................................................................14 I.1 Spécification des besoins.............................................................................................14 Sommaire I.2 Les fonctionnalités du système....................................................................................14 I.3 Identifications des acteurs...........................................................................................15 I.4 Identification des packages.........................................................................................15 I.5 Les diagrammes de cas d’utilisation...........................................................................16 I.5.1 Diagramme de cas d’utilisation authentification................................................16 I.5.2 Diagramme de cas d’utilisation du système d’information................................16 I.5.3 Diagramme de cas d’utilisation du package gestions des essais.......................18 I.5.4 Diagramme de cas d’utilisation du package gestions des parcelles....................19 II. Conception...................................................................................................................20 II.1 Le diagramme de séquence........................................................................................20 II.1.1 Diagramme de séquence d’authentification........................................................20 II.1.2 Diagramme de séquence gestion de la consultation...........................................21 II.1.3 Diagramme de séquence gestion des essais........................................................22 II.1.4 Diagramme de séquence gestion des parcelles...................................................23 II.2 Le diagramme de classe............................................................................................24 Réalisation et mise en œuvre I. Implémentation de la base de données......................................................................26 I.1 Modélisation de la base de données............................................................................26 I.2 Choix du système de gestion de la base de données...................................................28 II. Le Framework Phalcon................................................................................................28 II.1 Outils de développement de Phalcon.........................................................................28 II.1.1 Structure d’un projet Phalcon.............................................................................29 II.1.2 Configuration......................................................................................................29 II.2 Mise en place du Mvc...............................................................................................30 II.2.1 Le contrôleur.......................................................................................................30 II.2.2 La vue.................................................................................................................30 Sommaire II.2.3 Le modèle...........................................................................................................31 II.3 Le template.................................................................................................................32 II.4 Bootstrap de twitter....................................................................................................33 III. Implémentation de l’application..................................................................................33 III.1 L’architecture du système d’information..................................................................33 III.2 Fonctionnalités..........................................................................................................34 III.3 Présentation de quelques interfaces..........................................................................36 a) Le protocole expérimental........................................................................................36 b) Le projet...................................................................................................................37 1. L’ajout des données..................................................................................................38 2. Rechercher un projet.................................................................................................39 3. La modification........................................................................................................39 4. La suppression des données.....................................................................................40 5. L’export des données...............................................................................................40 c) L’essai......................................................................................................................40 d) Les parcelles.............................................................................................................41 e) Les données annexes................................................................................................43 f) Les analyses..............................................................................................................44 g) La synthèse des essais..............................................................................................45 Conclusion................................................................................................................................47 Annexes Annexe 1 : L’architecture MVC et l’utilisation des Frameworks ....................................... p.1 Annexe 2 : Choix des technologies et méthode de conception ........................................... p.5 Annexe 3 : Le dictionnaire des données .............................................................................. p.7 Bibliographie………………………………………………………………………………p.16 Liste des figures Chapitre 2 : Etude de l’existant et modélisation Figure 1: plan d'un dispositif expérimental (essai agronomique)...............................................5 Figure 2: image de la canne à sucre............................................................................................6 Figure 3 : Diagramme de flux d’information de l’itinéraire technique de la canne à sucre.......7 Figure 4 : dictionnaire des données............................................................................................9 Figure 5 : Fichier Excel des interventions effectuées par parcelle.............................................9 Figure 6 : fichiers de données des produits appliqués sur les parcelles....................................10 Figure 7 : fichiers de données des analyses de la matière fertilisante......................................10 Figure 8: exemple de fichier d'analyse du sol d'un essai..........................................................11 Chapitre 3 : Analyse et conception Figure 1 : Les packages du système d'information...................................................................15 Figure 2: le diagramme de cas d’utilisation d’authentification................................................16 Figure 3: Diagramme de cas d’utilisation du système d’information.......................................16 Figure 4: Diagramme du cas d’utilisation gestion des essais...................................................18 Figure 5: diagramme de cas d’utilisation gestion des parcelles................................................19 Figure 6: Diagramme de séquence d’authentification..............................................................20 Figure 7: diagramme de séquence gestion de la consultation...................................................21 Figure 8: diagramme de séquence gestion des essais...............................................................22 Figure 9: diagramme de séquence gestion des parcelles..........................................................23 Figure 10: Le diagramme de classe du système d’information................................................25 Chapitre 4 : Réalisation et mise en œuvre Figure 1 : le schéma relationnel de la base de données............................................................27 Figure 2 : structure d'un projet Phalcon....................................................................................29 Figure 3 : L'architecture 3 tiers du système d'information........................................................33 Figure 4 : la page d’accueil.......................................................................................................34 Figure 5 : la page d'authentification..........................................................................................35 Figure 6 : Les formats d'affichage de Bootstrap.......................................................................36 Figure 7 : Le protocole expérimental........................................................................................37 Figure 8 : La gestion des projests.............................................................................................38 Figure 9 : L’ajout d'un nouveau projet......................................................................................38 Figure 10 : La recherche des projets.........................................................................................39 Figure 11 : La modification des données..................................................................................39 Figure 12 : La suppression d'un projet......................................................................................40 Figure 13 : Exportation des données.........................................................................................40 Figure 14 : La gestion des essais..............................................................................................41 Figure 15 : L'ajout des essais....................................................................................................41 Figure 16 : L'ajout de nouvelle parcelle....................................................................................42 Figure 17 : Les données annexes.............................................................................................43 Figure 18 : L’affichage des données de la flore........................................................................44 Figure 19 : L'importation des fichiers d'analyses.....................................................................44 Figure 20: sélection des fichiers csv.........................................................................................45 Figure 21 : visualisation du fichier csv.....................................................................................45 Figure 22 : Synthèse des essais.................................................................................................46 Glossaire des termes agronomiques Amendement Substance apportée au sol en vue d’améliorer ses propriétés physiques (structure, rétention d’eau,..), chim d’humus, activation de la vie du sol). Biomasse Quantité de matière vivante contenue dans une unité déterminée de surface ou de volume de l'environnement. Bloc Ensemble de parcelles où toutes les modalités sont représentées une seule fois, le bloc est homogèn aléatoire. Un bloc correspond à une répétition. Culture En une culture est une production végétale tirée de l'exploitation de la . Le terme désigne également une cultivée. Cotylédon Expansion latérale de l'embryon végétal qui, généralement, est charnue etcontientlesréservesnutritivesnécessairesaupremier développement de la plante. Dose homologuéeDose maximale d'utilisation d’un produit phytosanitaire. Pour un Adventice Toute plante indésirable poussant spontanément dans une culture, autrement nommée « mauvaise herbe ». Bouillie Suspension de produits phytosanitaires ou pesticides pulvérisée sur la culture ou les mauvaises herbes pour maîtriser des bio-agresseurs. Bio-agresseurs Plantes, insectes, champignons ou maladies susceptibles de nuire au bon développement d’une culture. Chaulage Action de corriger le pH avec un amendement calcique afin de remédier à son excès d'acidité. Dispositif expérimental Ensemble d’unités physiques présentant une disposition particulière et caractéristique en vue de mettre en évidence, ou non, l’effet d’une action sur la culture. Diagnostic foliaire Evaluation par analyse chimique ou physique de l’état nutritionnel d’une culture à un moment donné de son développement. Le diagnostic foliaire peut aboutir à une adaptation de la fertilisation de celle-ci. Dicotylédone Groupe d’espèces végétales présentant une plantule à deux cotylédons. produit, elle peut varier en fonction de la culture sur laquelle le produit est appliqué ainsi que les cibles. ITK L’itinéraire technique cultural représente l’ensemble des interventions menées sur une parcelle. Intrant Produit (engrais, amendements, produit phytosanitaire, semences, etc.) apporté aux terres et aux cultures. Modalité Intervention technique sur une culture dont l’effet est évaluée dans un dispositif expérimental. Dans ce modalité témoin référence, à laquelle est comparée la modalité testée. Matière organique de simplification ou complexification moléculaire en fonction des conditions du milieu. Les principaux composants de la m Engrais Substances fertilisantes d’origine organique ou minérale, destinées à apporter aux plantes cultivées des éléments nutritifs nécessaires à leur croissance de manière à assurer le rendement d’une culture. Flore L’ensemble des espèces végétales. Herbicides Les herbicides font partie de la famille des pesticides, ce sont des désherbants, des préparations phytotoxiques utilisées pour lutter contre les adventices. Intervention Une opération culturale ou un traitement mené durant l’itinéraire technique. Mafor Matière fertilisante d'origine résiduaire comprenant l’ensemble des déchets d’origine anthropique liés aux activités industrielles, domestiques, urbaines ou agricoles et qui peut être valorisé en tant qu’engrais ou amendement pour l’agriculture. Parmi ces déchets, peuvent être cités les composts de déchets verts, les boues de station d’épuration, les cendres de combustion de biomasse ou les effluents d’élevage. Monocotylédone Groupe d’espèces végétales présentant une plantule à un cotylédon. Parcelle Unité expérimentale de base, où, selon un protocole,est appliquée une Placette Partie, à l’intérieur d’une parcelle, pour éviter les effets de bordure, sur laquelle sont réalisées des observations et/ou mesures : notation de l’enherbement, pesée de cannes, éch modalité et une seule. Elle se compose d’un nombre de sillons, variable d’un essai à l’autre, constant dans un même essai. La longueur de ces sillons et leur écartement sont définis par le protocole. Produits Phytosanitaires Protocole expérimental Un produit phytosanitaire ou pesticide est une substance (herbicide, fongicide, insecticide, parasiticide) utilisée pour soigner uploads/Management/ rapport-page-de-garde 1 .pdf