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http://www.takween.com/materiaux/proteines-structure- exercices.html Contrôle 1

http://www.takween.com/materiaux/proteines-structure- exercices.html Contrôle 1 du module 'Biochimie structurale, partie protéines, 2007,Filère 'sciences de la vie', Faculté des Sciences, Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc, durée 2 heures) Problème 1. Au niveau métabolique, le glucose-1- phosphate est transformé en fructose-6-phosphate par deux réactions successives: Glul-1-P <--> Glu-6-P (delta G°1 = - 7,11 KJ/mole); Glu-6-P <--> Fructose-6-P (delta G°2 = 1,67 KJ/mole). Calculer la valeur de delta G° de la réaction globale. Problème 2. L'ATP joue un rôle central dans les échanges énergénitques des systèmes biologiques. - Montrer par un exemple, comment l'ATP joue-t-elle ce rôle ? Recherche rapide dans site takween.com et sites liés de l'auteur: Rechercher Livre 'Sciences - Donner le processus qui permet de générer la majorité de l'ATP lors du métabolisme oxydatif Problème 3. On veut séparer l'acide glutamique, la leucine et la lysine par chromatographie sur une résine échangeuse de cations. Les points isoélectriques de l'acide glutamique, de la leucine et de la lysine sont respectivement, 3,22, 5,98 et 9,74 à 25°C. On dépose ces trois acides aminés sur la colonne à pH = 2, puis on amène progressivement le pH à 7. Quels acides aminés sont élués et dans quel ordre ? Problème 4. On étudie un peptide P après action d'un agent réducteur (béta- mercaptoéthanol). Deux peptides (A et B) peuvent ainsi être séparés par chromatographie. Peptide A: après hydrolyse, la composition en acides aminés est la suivante: Val 1; Ala 2; Ile 1; Cys 1. La méthode d'Edman donne PTH- de la vie. Protéines et Enzymes', Baaziz 2013 (+DVD). Préparation des contrôles en Biochimie: Ebooks (paiement en ligne): Le Coaching Scolaire à domicile ou par internet L'abc du concours d'infirmier Val puis PTH-Ile puis PTH-Ala. La carboxypeptidase donne Cys Peptide B: après hydrolyse acide, on détermine la composition globale en acides aminés: Phe 1; Ala 2; Val 1; Ile 1; Glu 1; Cys 1. L'action de la chymotrypsine donne deux fragments B1 et B2 de composition: B1: Ala 2; Ile 1; Phe 1., B2: Val 1; Glu 1; Cys 1. L'action de la carboxypeptidase sur le peptide B donne Glu La méthode d'Edman libère un PTH- Val à partir de B2 et deux PTH-Ala à partir de B1. - Donner le nombre d'acides aminés qui rentrent dans la séquence du peptide P. - Donner la structure primaire du peptide P. Problème 5. On veut déterminer le nombre de chaînes polypeptidiques de la molécule d'hémoglobine humaine HbA. Pour l'ensemble de la molécule d'HbA, on ne trouve que la valine comme résidu N-terminal. Pour 100 µg d'hémoglobine, il existe 0,73 µg de valine. Sachant que les poids moléculaires de l'hémoglobine et de la valine sont 64000 et 117, respectivement, combien y-a-t-il de chaînes par molécule d'HbA ? Justifier votre réponse. Quelle est la structure tridimensionnelle de HbA ? Problème 6. Donner les différents types de liaisons chimiques mises en jeu dans les structures protéiques suivantes: - Structure secondaire en hélice - Structure secondaire en feuillet plissé - Structure tertuaire - Structure quaternaire Problème 7. Donner le principe de chacune des méthodes suivantes utilisées pour la purification d'une protéine à partir d'un extrait biologique: 1- Fractionnement par un sel comme le sulfate d'ammonium 2- Précipitation isoélectrique 3- Electrophorèse sur gel de polyacrylamide dans les conditions dénaturantes par le sodium dodécyl sulfate (SDS-PAGE) 4- Chromatographie d'exclusion ou tamissage moléculaire 5- Chromatographie d'affinité. Contrôle de rattrapage du module 'Biochimie structurale, partie protéines, 2007, Filère 'sciences de la vie', Faculté des Sciences, Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc, durée 1 heure) Partie : Acides aminés - Protéines et Enzymologie ( Durée 1 heure) 1) - On se propose de doser les acides aminés dans une solution biologique par la méthode colorimétrique utilisant la Ninhydrine comme réactif . Sachant que l'absorbance de la solution a une valeur de 0,4 , le coefficient d'extinction moléculaire est de 1 mM-1.cm-1 et le trajet optique est de 1 cm. Quelle est la concentration de la solution analysée en acides aminés ? 2) - Donner la méthode utilisée pour séparer un mélange d'acides aminés en se basant sur leur différence de charge électrique au pH de la solution tampon. 3) - Soit un mélange de 3 peptides : P1 = His-Gly-Pro-Lys P2 = Glu-Leu-Cys-Asp P3 = Ala-Gly-Ile-Ser *On soumet ce mélange à une électrophorèse à pH=6. Indiquer par un schéma la position des trois peptides P1, P2 et P3. *On dépose le même mélange au sommet d'une colonne remplie d'une résine échangeuse de cations , et l'on applique un gradient de pH de 1 à 10. Indiquer l'ordre de sortie des trois peptides. 4) - Une enzyme a été purifiée en trois étapes, à partir de 1 000 g de protéines contenant 20 000 unités enzymatiques. Compléter le tableau en indiquant à chaque étape le degré de purification et le rendement : Quantité des protéines ( g ) Activité ( UI ) 1- Extrait brut 1 000 20 000 2- Précipité au sel (NH4)2SO4 200 14 000 3-Chromatographie d'exclusion 15 4 500 4-Chromatographie d'affinité 1 1 600 5) Une hydrolyse acide totale d'un polypeptide permet d'obtenir la composition en acides aminés suivante : 1 Gly ; 2 Glu ; 1 Phe ; 1 Leu ; 1 Val 2 Arg ; 1 Tyr ; 2 Cys. L'action du B- mercaptoétahanol permet d'obtenir deux hexapeptides A et B. Le peptide A, traité selon la méthode d'Edman libère PTH-Gly, puis PTH-Tyr. Les carboxypeptidases A et B sur le fragment A libèrent successivement Arg, et 2 Glu. Le peptide B traité par le dinitrofluorobenzène ( DNFB) libère de la leucine. L'action de la chymotrypsine sur B est positive.et l'analyse spectrophotomètrique indique qu'il absorbe fortement à 280 nm. L'extremité C-terminal de l'hexapeptide B comprend Arg suivie de Val. Donner une proposition de la structure primaire du polypeptide initial. 6) L'étude de la cinétique d'une réaction enzymatique montre que pour une concentration en substrat égale à 5O mg/ml ( Masse molaire est 200), la vitesse de la réaction est égale à la moitié de la vitesse maximale . Déterminer à partir de ces données la valeur de la constante de Michaelis-Menten Km. Quelle serait l'action d'un inhibiteur compétitif sur cette valeur. ? Feuille des réponses. 1) Concentration en acides aminés de la solution : …………………………… 2) Méthode de séparation ……………………………………………………… 3) - Schéma électrophorètique : ………………………………………………… - Ordre d'élution chromatographique : ………………………………………… 4) Degré de purification Rendement 1- Extrait brut 2- Précipité au sel (NH4)2SO4 3-Chromatographie d'exclusion 4-Chromatographie d'affinité 5) Structure primaire proposée : ………………………………………………………… 6) - Valeur de la constante de Michaelis-Menten : …………..........…………………….. - Action de l'inhibiteur compétitif …………………………………………………… …. Contrôle 2 du module 'Biochimie structurale, partie protéines, 2006, Filère 'sciences de la vie', Faculté des Sciences, Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc, durée 1 heure et 30 min) Partie : Bioénergétique et Enzymologie (Durée = 1h30 ; Note / 14) Problème 1 : a) Calculer l'énergie libre de l'hydrolyse de l'ATP en ADP + Pi dans les conditions physiologiques d'un muscle en repos qui sont les suivantes : ATP = 5 mM ; ADP = 0,5 mM ; Pi = 5 mM à pH 7 et T = 25°C ( G'° = 30,5 kJ / mole ; R = 8,3 J/mole/K) b) Au cours du métabolisme, des composés existent sous forme de couple redox. On peut exprimer G'° = - n F E'° n et F étant des constantes , dans quelles conditions ces réactions d'oxydo-réduction sont elles spontanées ? Problème 2 : a) Soit une enzyme à cinétique michaelienne. Tracer sur un même schéma, l'allure générale des courbes V = f (S) : - en l'absence d'inhibiteur - en présence d'un inhibiteur compétitif - en présence d'un inhibiteur non compétitif. Préciser clairement sur la figure les Km et les Vmax. b) Les vitesses initiales d'une réaction enzymatique en fonction de concentrations variables en substrat sont données dans le tableau suivant : Conc ) Les vitesses initiales d'une réaction enzymatique en fonction de concentrations variables en substrat sont données dans le tableau suivant : Concentration en S (moles/litre) Vi ( micromoles/minute) 1,25 x 10-2 33 1,8 x 10-2 41,5 2,5 x 10-2 50 4 x 10-2 62,5 77 8 x 10-2 - Déterminer Vmax - Calculer la vitesse initiale pour une concentration en substrat double de Km. uploads/Finance/ controle-02.pdf