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Fiabilite des clades et congruence taxinomique application a la phylogenie des teleosteens acanthomorphes

THÈSE DE DOCTORAT DE L ? UNIVERSITÉ PARIS VI ?? PIERRE ET MARIE CURIE Discipline Systématique École Doctorale Diversité du Vivant Présentée par M Blaise LI pour obtenir le grade de DOCTEUR DE L ? UNIVERSITÉ PARIS VI ?? PIERRE ET MARIE CURIE Préparée sous la direction de M Guillaume LECOINTRE UMR CNRS ?? Équipe Phylogénie Département Systématique et Évolution Museum National d ? Histoire Naturelle tel- version - Oct Sujet de la thèse Fiabilité des clades et congruence taxinomique Application à la phylogénie des téléostéens acanthomorphes soutenue le devant le jury composé de dans l ? ordre alphabétique M Pierre DARLU M Jean-Yves DUBUISSON M François-Joseph LAPOINTE M Guillaume LECOINTRE Mme Olga OTERO Rapporteur Examinateur Rapporteur Directeur de thèse Examinatrice Ctel- version - Oct Pages liminaires Résumé Si le but de la reconstruction phylogénétique est d ? avoir une idée des relations de parenté réelles entre les êtres vivants il est bon de ne pas se contenter d ? un simple arbre obtenu par l ? analyse combinée d ? un ensemble de données En e ?et même des clades robustes apparaissant dans un tel arbre peuvent ne pas être ?ables La con ?ance dans une af ?rmation phylogénétique ne peut émerger qu ? après une comparaison de résultats obtenus par des données indépendantes Dans un premier temps la présente thèse propose de mesurer la ?abilité d ? un clade à partir d ? un indice de répétition prenant en compte le nombre d ? occurrences obtenues pour ce clade sur un ensemble d ? analyses de données indépendantes c ? est-à-dire peu susceptibles de donner lieu aux mêmes biais de reconstruction Plus un clade est obtenu un nombre élevé de fois de cette façon plus il peut être considéré comme ?able Il est également tenu compte de la présence ou non de clades eux-mêmes répétés et incompatibles avec le clade d ? intérêt Plus un clade est contredit par un clade possédant un grand nombre d ? occurrences moins il doit être considéré comme ?able Dans une deuxième partie l ? indice de répétition est calculé à partir d ? une série d ? analyses mettant en jeu environ taxons et basées sur quatre marqueurs nucléaires Rhodopsine MLL IRBP et RNF ce dernier étant utilisé ici pour la première fois Ces marqueurs sont analysés suivant des méthodes probabilistes séparément et en combinaisons de ou ce qui permet de béné ?cier des avantages de l ? analyse combinée tout en ayant des séries de résultats indépendants à comparer Les résultats de l ? analyse de ?abilité sont ensuite synthétisés sous forme d ? arbres incluant en priorité les clades les plus ?ables suivant des méthodes gérant de plusieurs façons les di ?érences d ? échantillonnages taxinomiques entre les jeux de données Les arbres de synthèse obtenus permettent de préciser la structure de la phylogénie des téléostéens acanthomorphes Actinopterygii Teleostei De nouveaux clades ?ables sont identi ?és à plusieurs niveaux de résolution et de nouveaux taxons sont placés dans la