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1 Fiche : Gestion des prélèvements biologiques d’un patient suspect ou confirmé

1 Fiche : Gestion des prélèvements biologiques d’un patient suspect ou confirmé de COVID-19 Version 4 Recommandations de la SFM à destination des laboratoires des Etablissements de Santé et des Hôpitaux militaires ainsi que des Laboratoires de Biologie Médicale Mars 2020. Rédacteurs (Groupe de travail SFM « Micro-organismes émergents » et Section sécurité et sûreté biologiques) : Maude Bouscambert, Nadine Lemaitre, Sébastien Allix-Le Guen, Audrey Merens, Bruno Lina, Gérard Lina Généralités Le virus SARS-CoV2 (nouvelle dénomination du nCoV-2019) est un virus de la famille des coronavirus (Coronavirus humains agents du rhume banal / NL63, HUK1… ; SARS-CoV en 2003 ; MERS-CoV 2012). La transmission est de type gouttelette comme la grippe (maximum de contagiosité à ≤ 1 m). Sa durée de survie sur surfaces inertes est inconnue mais, le MERS-CoV, virus apparenté, peut survivre pendant quelques jours en particulier en atmosphère humide (taux d’humidité ≥ 50%) et à faible température. Les premières données (en cours de publication) sur le suivi des premiers patients COVID-19 hospitalisés en France rapportent une virémie inconstante, faible et de courte durée, principalement décrite dans les formes sévères (SDRA). La virurie reste inexistante. En revanche, la quantité de virus dans les prélèvements respiratoires dont le liquide pleural et dans les selles peut être élevée comme cela a été observé avec le virus MERS-CoV. Des cas de contamination du personnel soignant ont été décrits mais aucun cas de contamination du personnel de laboratoire n’a été rapporté. Les précautions standards de manipulation des agents infectieux au laboratoire sont suffisantes. Les coronavirus sont sensibles aux désinfectants usuels virucides tels que l’hypochlorite de sodium 0,5%, l’acide peracétique/peroxyde d’hydrogène, l’éthanol ou l’isopropanol à 70%, glutaraldéhyde...selon la norme EN 14476 s’ils sont utilisés suivant les recommandations du fabricant (respect de la concentration et du temps de contact). Ces éléments permettent d’évaluer le risque associé à la manipulation d’échantillons biologiques susceptibles de contenir du SARS-CoV2 (prélèvements respiratoires dont le liquide pleural et selles) pour le diagnostic d’infection COVID-19 d’une part mais éventuellement pour un diagnostic complémentaire ou différentiel (panel diagnostiques, paramètres d’urgence) sans perte de chances pour le patient. 2 Selon les recommandations de l’OMS, CDC et ECDC, la manipulation des échantillons microbiologiques d’un patient suspect de COVID-19 peut s’effectuer dans un LSB2 en respectant les bonnes pratiques de travail, particulièrement lors des manipulations pouvant générer accidentellement des aérosols, en mettant à disposition une conduite à tenir en cas d’incident (traçabilité du personnel et des échantillons). Seule la culture du virus doit se faire impérativement dans un LSB3. La Société Française de Microbiologie est en accord avec ce principe. Ces recommandations sont amenées à évoluer au fur et à mesures que les connaissances s’affineront. Elles sont également susceptibles d’évoluer en fonction de l’épidémiologie. Diagnostic et prélèvements En France, le diagnostic spécifique de COVID-19 est réalisé actuellement par RT- PCR spécifique sur un prélèvement naso-pharyngé (écouvillon ou aspiration). Des tests commerciaux sont en cours d’évaluation et de distribution (liste DGS en cours). Les prélèvements à réaliser pour le diagnostic initial COVID-19 sont les suivants : • Un prélèvement systématique des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé /écouvillons Virocult® ou autres écouvillons équivalents, aspirations), • Un prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA), aspiration trachéo-bronchique en cas d’atteinte parenchymateuse, Pour plus d’informations ainsi que pour les prélèvements de suivi d’un patient positif se référer aux recommandations des CNR. Il est recommandé que les prélèvements destinés à des analyses non urgentes de cytologie ou de biochimie réalisées sur des prélèvements respiratoires ou prélèvements de selles ainsi que les analyses d’anatomo-cytologie non urgentes ou ne soient pas envoyés aux laboratoires destinataires avant la levée de doute sur une infection COVID-19. Ils doivent être conservés dans le service à +5°C si possible. Toutefois, si ces analyses ne peuvent pas être différées (patients de réanimation par exemple), les échantillons pourront être envoyés aux laboratoires de Microbiologie en respectant les recommandations de conditionnement, d’acheminement et de prise en charge décrites ci-dessous. 3 Acheminement des prélèvements Les prélèvements biologiques destinés au laboratoire doivent être limités au strict nécessaire (diagnostic d’infection COVID-19 et analyses urgentes liés aux soins du malade). Prévenir le laboratoire de l’acheminement de prélèvements pour le diagnostic de SARS-CoV2. 1. Prélèvements à risque élevé de contamination - Prélèvements respiratoires type crachats, aspirations bronchiques, prélèvements distaux protégés, liquides broncho-alvéolaires, liquides pleuraux, écouvillon rhinopharyngé pour la recherche du SARS-CoV2 - Selles - Pour ces prélèvements, dans la mesure du possible, privilégier le transport par voie pédestre. Le pneumatique est à éviter en raison du risque de déversement des pots à vis. En revanche, ce risque de déversement est très faible pour les écouvillons. - Le triple emballage est recommandé rigide ou à défaut, un double emballage souple avec du papier absorbant, en particulier pour les prélèvements en pot à vis. En stade 3 de l’épidémie, un emballage simple (type prélèvement pour diagnostique de la grippe) peut être envisagé au cas par cas pour ne pas freiner la prise en charge des patients. - En cas de fuite de l’échantillon dans le sachet, l’analyse du prélèvement ne doit pas être réalisée. - Il est indispensable de rappeler au service la nécessité de bien fermer les contenants. Le risque de dissémination est associé à l’ouverture accidentelle d’un tube mal fermé. Un poudrier déversé dans son sachet ne sera pas traité par le personnel technique. 2. Prélèvements sans ou à faible risque de contamination - Sang (hémoculture, tubes de sang pour la biochimie, l’hématologie..), urines, liquides de séreuse (hors liquide pleural), écouvillons rectaux de dépistage des BMR (très faible quantité de selles). - Acheminement et emballage selon la filière standard des échantillons biologiques de l’établissement. 4 Il n’est pas utile de décontaminer les contenants à l’arrivée au laboratoire (risque de retard de prise en charge et donc perte de chance pour le patient). Les mesures standards de manipulation des échantillons biologiques, le port de gants en particulier, suffisent pour protéger le manipulateur. Réalisation des analyses microbiologiques au laboratoire 1. Prélèvements à risque élevé de contamination - La manipulation des échantillons respiratoires et de selles nécessitant une ouverture manuelle des contenants doit se faire dans un laboratoire LSB2, sous PSM2, quelles que soient les activités réalisées (mise en tampon de lyse pour l’extraction des acides nucléiques, ensemencement à visée bactériologique ou mycologique, les dépôts sur lame et la fixation des lames en vue d’un examen microscopique, cytologie des liquides type LBA…) et selon les conditions décrites dans le paragraphe 5.2.1.7 du manuel de sécurité et de sureté biologique (annexe 1). - Les conditions de sécurité biologique recommandées (ou obligatoires) pour réduire tout risque de dissémination en cas d’accident sont listées ci-dessous : o Personnel en nombre limité dans la pièce du LSB2, o Port de gants jetables à usage unique, o Toute centrifugation doit se faire en nacelle étanche et toute ouverture de nacelle de centrifugation doit se faire sous PSM2 (cf. paragraphe 5.2.3 du manuel de sécurité et de sûreté biologiques, annexe 1), o Tout vortexage doit se faire sous PSM2, o Le poste de sécurité microbiologique doit être nettoyé après usage avec un détergent-désinfectant virucide (Norme EN 14476) en suivant les recommandations du fabricant (respect de la concentration et du temps de contact), o Disposer d’une procédure décrivant la conduite à tenir en cas de déversement de liquides biologiques ou de projections sous le PSM2, o Procéder à une hygiène des mains avec PHA avec retrait des gants, - Une fois fixées, les lames peuvent être colorées en dehors du PSM2, - Les milieux de culture ensemencés manuellement peuvent réintégrer une chaine robotisée pour lecture automatisée mais il est rappelé que le 5 déchargement des boites de culture de la chaine doit se faire en respectant les précautions standards (port de gants), - Lorsqu’il n’y a pas besoin de prétraitement ou de dilution de l’échantillon, l’ensemencement à visée bactériologique ou mycologique de milieux de culture et les dépôts sur lame et la fixation peuvent être aussi réalisés directement avec les ensemenceurs capables d’ouvrir les contenants fermés et possédant un module d’ensemencement fermé avec traitement d’air par filtre HEPA., - Les prélèvements positifs sont adressés au CNR des virus respiratoires (adresses ci-dessous). 2. Prélèvements sans ou à faible risque de contamination - Pas de précautions particulières en dehors des précautions standards de manipulation des échantillons biologiques (port de gants), - Les prélèvements seront traités selon les procédures standards du laboratoire (ensemencement manuel ou automatisé des prélèvements microbiologique, coloration….). Gestion des déchets - Les déchets générés par la prise en charge des prélèvements respiratoires et de selles, quel que soit le statut COVID-19, déposés dans un container DASRI rigide sous PSM 2 seront éliminés après un autoclavage (30 min à 121°C). En cas d’absence d’autoclave dans le laboratoire, le container DASRI rigide sera rempli avec un volume (2 cm de hauteur) de Javel 0,5% ou tout autre désinfectant actif contre le COVID-19 avant de rejoindre le circuit standard des DASRI. - Les containers rigides DASRI devront être fermés et désinfectés par un désinfectant actif contre le COVID-19 avant d’être sorti du PSM2 - uploads/Sante/ fiche-covid19-v4-sfm.pdf