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Biochimie Représentation tridimensionnelle de la neuraminidase. Les coordonnées

Biochimie Représentation tridimensionnelle de la neuraminidase. Les coordonnées de atomes ont été obtenues par Diffractométrie de rayons X sur un cristal de la protéine. La biochimie est la discipline scientifique qui étudie les réactions chimiques ayant lieu au sein des cellules. Le terme a été créé en 1903 par Carl Neuberg d'après la racine grecque Βιοχημεία (biochēmeia)[réf. nécessaire]. On distingue plusieurs grandes subdivisions de cette discipline : l'énergétique, production d'énergie par la cellule ; l'enzymologie, ou étude des catalyseurs biologiques ; le métabolisme, divisé en anabolisme, réaction de synthèse de molécules et catabolisme, réactions de dégradations des molécule. Ces grands groupes se subdivisent ensuite en des domaines de plus en plus spécialisés. Par exemple, l'enzymologie moderne tache de relier la structure tridimensionnelle d'une protéine avec sa fonction. La biochimie, tout comme la chimie, détaille aussi les raisons de la réactivité des molécules. Les principales catégories de molécules étudiées en biochimie sont les glucides, les lipides, les protéines et les acides nucléiques. Ces molécules sont constituées principalement de carbone, d'oxygène et d'azote. Ces classes de molécules représentent les éléments fondamentaux de l'édification et du fonctionnement de la cellule. L'un des buts ultime de la biochimie est d'intégrer les données obtenues à l'échelle moléculaire à un niveau de complexité supérieur, celui de la cellule. Il existe toutefois deux divisions entre la molécule et la cellule : la première est abordée par la biochimie supramoléculaire, qui étudie les assemblages de macromolécules (comme le ribosome ou les interactions enzymatiques au sein d'une voie métabolique) et les propriétés émergentes ; la seconde s'occupe de la biochimie des organelles, comme la mitochondrie ou le chloroplaste , entités supramoléculaires existant à l'intérieur des cellules complexes. Portail Biochimie Sommaire [masquer]  1 Émergence de la biochimie o 1.1 Apparition des techniques de biochimie  2 Biomolécules o 2.1 L'eau o 2.2 Les glucides (hydrates de carbone)  2.2.1 Classification  2.2.1.1 Par nombre de résidus  2.2.1.2 Par groupement chimique  2.2.1.3 Par nombre d'atomes de carbone  2.2.2 Exemples o 2.3 Lipides  2.3.1 Définition  2.3.2 Structure et classification o 2.4 Protéines (protides)  2.4.1 Acides aminés  2.4.2 Structure des protéines  2.4.3 Fonctions  2.4.4 Protéome o 2.5 Acides nucléiques  2.5.1 Structure  2.5.2 Information génétique o 2.6 Vitamines  3 Sous-disciplines de la biochimie  4 Biochimie, une science multidisciplinaire  5 Notes et références  6 Voir aussi o 6.1 Liens internes o 6.2 Bibliographie Émergence de la biochimie [modifier] Article détaillé : histoire de la biologie. Justus von Liebig Louis Pasteur Melvin Calvin L'idée que l'activité de la "matière vivante" provienne de réactions chimiques est relativement ancienne (Réaumur, Spallanzani, etc.). La synthèse de l'urée, réalisée en 1828 par le chimiste allemand Friedrich Wöhler, en sera une des confirmations les plus décisives réalisées au XIX e siècle . Avant cette date, on considérait que la substance présente dans les organismes présentait des particularités propres au vivant (théorie du vitalisme ou des humeurs héritée des grecs anciens Aristote, Gallien ou Hippocrate). Un autre allemand, Justus von Liebig sera le promoteur d'une nouvelle science, la biochimie, qui sera un domaine d'illustration pour plusieurs de ses compatriotes jusqu'à la seconde guerre mondiale. Parmi les plus célèbres on retiendra Hermann Emil Fischer (la célèbre projection de Fischer des glucides), Eduard Buchner (biochimie de la fermentation) et Richard Willstätter (mécanisme des réactions enzymatiques). Dès lors l'exploration de la cellule connaît un nouvel essor mais on s'intéressera plus particulièrement à ses constituants chimiques et à la façon dont ils réagissent entre eux afin de réaliser un métabolisme au niveau cellulaire. Après les travaux de Louis Pasteur, la recherche va se porter dans les substances intervenant dans les fermentations et les digestions (les ferments solubles). Antoine Béchamp les nommera en 1864 "zymases" mais on préfèrera utiliser le nom d'enzymes introduit dès 1878 par Wilhelm Kühne. Les autres composants attirant l'attention sont des molécules "albuminoïdes" nommées protéines depuis 1838. Celles si sont considérées comme des agrégats de petites molécules à l'origine de l'état colloïdal du hyaloplasme de la cellule. Selon Friedrich Engels elles sont la manifestation même de la vie (Dialectique de la nature, 1835), cela suscite dès lors une attitude vitaliste qui en France sera défendue par Émile Duclaux. Cependant, dès 1920, une autre interprétation s'impose avec la mise en évidence de la nature moléculaire des protéines par Hermann Staudinger. Ce nouveau statut est accompagné de caractéristiques structurales qui conduisent à de nouvelles interprétations fonctionnelles, certaines protéines pouvant être des enzymes, comme Victor Henri l'avait pressenti dès 1903. Otto Warburg met en place la chimie cellulaire et met le microrespiromètre à la disposition des chercheurs. Cet appareil va aider le Hongrois Albert Szent- Györgyi puis l'Allemand Hans Adolf Krebs à élucider le mécanisme de la respiration cellulaire. Il est démontré alors que le gaz carbonique produit à cette occasion est le résultat d'une série de réactions biochimiques effectuées à l'aide d'enzymes spécifiques, le Cycle de Krebs. On établit aussi que toutes les cellules tirent leur énergie d'une même molécule, l'adénosine triphosphate ou ATP, découverte en 1929 par Karl Lohmann. Au début des années 40, Albert Claude montre que la synthèse de l'ATP se déroule au niveau de la membrane interne des mitochondries. Dans le même temps, le britannique Peter Mitchell explique le mécanisme de cette réaction, qui s'accompagne de la formation d'eau. L'étude des thylakoïdes dans les chloroplastes des végétaux chlorophylliens permet de comprendre progressivement le mécanisme de la photosynthèse. En 1932, Robert Emerson reconnaît une phase lumineuse et une phase obscure et en 1937 Archibald Vivian Hill démontre que la production d'oxygène caractéristique de la photosynthèse résulte de la photolyse (décomposition chimique par la lumière) de l'eau. Enfin à partir de 1947, Melvin Calvin décrit la fabrication des substances carbonées à partir du dioxyde de carbone absorbé, c'est le Cycle de Calvin. En 1951, Erwin Chargaff montre que la molécule d'ADN, connue depuis 1869, est essentiellement présente au niveau des chromosomes. On remarque aussi qu'il y a autant d'adénine que de thymine, de guanine que de cytosine). Le jeune James Dewey Watson et Francis Harry Compton Crick vont publier la structure en double hélice de l'ADN dans la revue Nature le 25 avril 1953. Ils se basent sur les images en diffraction des rayons X obtenues par Maurice Wilkins et Rosalind Elsie Franklin. Toutes ces découvertes sont le prélude à une meilleure compréhension moléculaire de la vie et à de nombreuses autres avancées médicales et biologiques. Apparition des techniques de biochimie [modifier] C'est en 1929 que Theodor Svedberg à l'idée de soumettre le matériel cellulaire à une centrifugation poussée (ultracentrifugation) afin d'isoler les différents constituants des cellules. En 1906, le botaniste Mikhaïl Tswett met au point la chromatographie, technique permettant de séparer les biomolécules. La technique d'électrophorèse a été développée en 1930 par Arne Wilhelm Tiselius, elle permet la séparation des biomolécules chargées sous l'effet d'un champ électrique. Le biochimiste britannique Frederick Sanger développa en 1955 une nouvelle méthode pour analyser la structure moléculaire des protéines (séquence d'acides aminés) et montra qu'une molécule d'insuline contenait deux chaînes peptidiques, reliées ensemble par deux ponts disulfure. Centrifugeuse (1912) Colonnes de chromatographie (1950) Électrophorèse sur gel (2004) Biomolécules [modifier] L'eau [modifier] Article détaillé : Eau. L'eau est l'élément primordial de la vie. L'eau est le constituant principal des êtres vivants. Chez l'être humain cette molécule représente de 55 à 75% de la masse corporelle. Certaines des caractéristiques de l'eau font d'elle une molécule remarquable, aux particularités qui ont permis à la vie sur Terre de se développer. Ces caractéristiques sont surtout liées à sa nature dipolaire.  L'eau a une force de cohésion élevée, ce qui rend cette matière difficile à évaporer (température d'ébullition particulièrement élevée pour une molécule de cette masse molaire). Cela permet à une importante phase liquide d'exister aux températures connues sur Terre, phase liquide indispensable à la vie telle que nous la connaissons.  De même, ses propriétés de solvant "doux" permettent à un très grand nombre de réactions biochimiques de se produire. L'eau est particulièrement un excellent solvant pour les solutés polaires ou ioniques. L'eau est en effet capable d'entourer et de séparer les particules chargées en formant des sphères de solvatation.  L'eau peut former des liaisons hydrogènes avec certains atomes composants les biomolécules (la liaison hydrogène avec l'acide carboxylique des lipides explique la tête hydrophiles des lipides, les liaisons hydrogènes ont une influence sur la structure spatiale des protéines).  L'eau se dissocie naturellement en ion oxonium (ou hydronium) H3O+ et ion hydroxyde OH- Le pH de l'eau varie donc en fonction du rapport entre ces deux ions, cette propriété influe fortement sur des molécules telles que les enzymes (certaines enzymes digestives agissent dans l'estomac au pH acide proche de 2 et sont inactivées dans l'intestin au pH basique proche de 8).  L'eau entre dans la plupart des réactions biochimiques.  Enfin elle est fortement utilisée en biochimie pour faire des dilutions et obtenir des solutions avec certaines particularités (solutions tampon) On peut aussi signaler l'importance de l'eau dans la vie dans uploads/Finance/ biochimie.pdf