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58 e-migrinter n°3 2009 JabRef : outil de gestion de données bibliographiques U

58 e-migrinter n°3 2009 JabRef : outil de gestion de données bibliographiques Utilisation, avantages et inconvénients Stéphane Toulin, Martine Chazelas & Fabien Palencia es informations que les chercheurs, post-doctorants, doctorants et étudiants ont à traiter sont de plus en plus volumineuses. L'augmentation de la production scientifique, l'évolution des supports (format papier / électronique), la multiplication des bases de données et des outils d'évaluation (web of sciences, scopus) rendent la gestion de ces ressources de plus en plus complexe. L'utilisation des outils de gestion de données bibliographiques peut apporter une solution à ce problème. Les outils de gestion de données bibliographiques permettent à la communauté de gérer les informations, sous forme de base de données ou de bibliothèque virtuelle, collectées lors de leurs différentes recherches bibliographiques, en « surfant sur Internet », dans leur propre documentation papier ; mais aussi d'utiliser ces données pour alimenter les documents qu'ils rédigent : articles, rapports, thèse, etc. L’offre en logiciels est importante (Lardy, 2004 ; Royer-Devaux, 2008) et un choix s'impose suivant les divers critères inhérents aux acteurs de la recherche, qu'ils soient techniques, économiques, ou autres. Dans un premier temps, nous présenterons le laboratoire ICMCB-CNRS, où nous avons testé l'utilisation du logiciel de gestion de données bibliographiques JabRef. Dans un deuxième temps, ce logiciel sera présenté et nous détaillerons les principaux avantages et inconvénients. Contexte L'ICMCB (Institut de Chimie de la Matière Condensée de Bordeaux), unité propre de recherche du CNRS (UPR 9048) dans le domaine des sciences des matériaux, des sciences moléculaires et de la matière condensée, est composé de 7 groupes de recherche et de divers services représentant environ 200 personnes. L'ensemble des chercheurs, post- doctorants, doctorants et étudiants utilisent déjà depuis quelques années des outils de gestion de données documentaires, mais des outils disparates : Reference Manager et Endnote essentiellement. L e-migrinter n°3 2009 59 Fin 2007, sous l'impulsion de membres de la commission « informatique et instrumentation » (interne à l'ICMCB) et d'un groupe de recherche qui utilise des logiciels libres, le service bibliothèque et le service informatique ont décidé de mettre en place une phase de test du logiciel de gestion de données bibliographiques JabRef. En parallèle, nous avons fait la promotion de cet outil auprès des doctorants de l'institut (une quarantaine), pour qu'ils l'utilisent. Plus d'un tiers environ a répondu favorablement. En fonction des résultats de cette phase d'essai, nous avions pour but de proposer un outil commun de gestion de données documentaires pour l'ensemble des membres de l'ICMCB. L'avantage d'un tel test aurait permis aux équipes de recherche n'ayant pas ce type de matériel de s'équiper (et ceci gratuitement), de montrer aux équipes de recherche utilisant Endnote et Reference manager les avantages qu'offre JabRef, notamment l'interopérabilité avec leurs outils, et ainsi éviter les frais de mises à jour de leurs logiciels. JabRef est compatible avec l'ensemble des systèmes d'exploitation et de traitements de texte utilisés dans l'institut : MS-Word et Lyx (Berger Sabbatel, 2008) sous Windows (90% du parc informatique de l'ICMCB utilise le système d'exploitation Windows). Après quelques mois de tests, nous proposons de dresser un bilan des avantages et des inconvénients de JabRef, tout en expliquant son utilisation basique. Nous vous recommandons les didacticiels suivants pour son utilisation. ¾ http://stephlefevre.free.fr/logiciels/ JabRef.phpHYPERLINK ¾ http://stephlefevre.free.fr/logiciels/ JabRef.php ¾ http://stephlefevre.free.fr/logiciels/ JabRef.php[4] ¾ http://www.arpist.cnrs.fr/spip.php? article109 ¾ http://www.arpist.cnrs.fr/spip.php? article124 Présentation succincte du logiciel JabRef JabRef est un logiciel de gestion de données (ou de références) bibliographiques sous licence GPL/GNU (General Public Licence), en format BibTeX (Coulais, 2008) (format standard de la bibliographie sous LaTeX (Flipo, 2008). Tournant sous Java, il permet de créer des bases de données pour gérer l'ensemble de vos références biblio- graphiques : ¾ Stockage des données, ¾ Mise en forme et export lors de la rédaction de vos documents, ¾ Recherche en ligne vers certaines bases (Medline, Citer, IEEE...), ¾ Importation de références de bases de données (Inspec, Current Contents, SciFinder, Web of Sciences, etc.). Pour une présentation détaillée, mais concise, de l'ensemble des fonctionnalités, nous vous recommandons fortement de consulter la fiche rédigée par Mme Martine Chazelas (2008). Les avantages majeurs Issu du « monde des logiciels libres », JabRef est un logiciel gratuit et facile d'installation. Fonctionnant sous les plateformes Linux, Windows, Mac, (possibilité de mise en réseau), compatible avec plusieurs traitements de texte, il est régulièrement mis à jour. Son interface est disponible en plusieurs langues dont le français [(menu « option » Î « préférences » Î « général » (rubrique langue)]. Les formats d'affichage sont paramétrables ainsi que les formats d'exports. L'ensemble des paramètres de JabRef sont exportables et paramétrables [menu « options » Î « préférences », (etc.)]. Il est possible de modifier ou créer son propre type de document. Pour récupérer l'application utilisez la rubrique « Downloads » du site : http://jabref.sourceforge.net/ 60 e-migrinter n°3 2009 Lancez l'installation du programme. Il faut au préalable installer une « machine virtuelle Java » (http://www.framasoft.net/article3111.html ) sur votre ordinateur. Vous pouvez la télécharger à l'adresse suivante : http://www.java.com/fr/download/index.js p. (en général, cette dernière est déjà présente, cela dépend des systèmes d'exploitation). Une fois l'installation terminée vous pouvez lancer le logiciel. Son utilisation est relativement simple, en utilisant les icônes ou les divers menus proposés. ¾ En premier lieu vous devez créer une « base de données ou bibliothèque », pour cela utilisez le menu « fichier », « nouvelle base ». Une « base vide » apparaît, nommez- la à l'aide de la fonction « sauvegarder la base » (icône « sauvegarder la base » ou menu « fichier »; « sauvegarder la base »). ¾ Vous pouvez créer vos notices parmi divers types de références : article, ouvrage (book), chapitre de livre (inbook), conférence (conference), article de conférence (inproceedings), thèse (phdthesis), mémoire (masterthesis), contribution à un ouvrage collectif (incollection), fascicule (booklet), manuel (manuel), divers (misc), autre (other), rapport technique (techreport). Utilisez l'icône « + » ou le menu « bibtex »; « nouvelle entrée ». ¾ Les divers onglets qui composent une référence sont facilement interprétables. Ils sont au nombre de 6 : « champs requis » (à renseigner obligatoirement); « champs optionnels »; « general »; « abstract »; « review » ; « source bibtek », divisés en « champs ». Il ne reste plus qu'à les compléter suivant vos informations bibliographiques. Il est à noter l'importance du sous-champ « bibtexkey » dans les « champs requis ». Ce dernier permettra, lorsque ¾ l'année et les auteurs de votre référence seront rentrés et une fois que vous aurez cliqué sur l'icône « créer la clef bibtex », de contenir la référence de votre notice bibliographique. Elle vous permettra l'insertion des notices bibliographiques, de votre choix, lors de la rédaction de vos documents. Autres fonctionnalités intéressantes, l'organisation de l'ensemble de votre « base de données ou bibliothèque » en « groupes », vous permet d'organiser vos références suivant vos centres d'intérêt, comme par exemple une thématique sur la « chimie du solide ». Pour cela, utilisez l'icône « afficher/masquer l'interface des groupes » ou le menu « affichage » ; « afficher/masquer l'interface des groupes ». Cliquez sur l'icône « nouveau groupe »; donnez un nom (ex. : « chimie du solide »); nous vous recommandons de laisser cochée l'option « groupez manuellement les entrées » et « groupe indépendant», puis validez. Enfin, sélectionnez via l'icône « paramètres » dans « groupes » la fonction « masquer les entrées non correspondantes » et « intersection ». Pour lier vos références à votre groupe, cochez vos documents et effectuez un « glisser déposer (dans votre « groupe »)», ou via un « clic droit de souris », prendre l'option « ajouter au groupe ». L'importation de références suite à des recherches bibliographiques dans des bases de données (via les fichiers sauvegardés) ou extraites de sites Internet (via l'exportation de la référence) ou autre, par exemple, vous permet l'alimentation de votre « bibliothèque ou base » sans avoir à rentrer manuellement chaque référence. Pour cela, sélectionnez le menu « fichier » ; « importer dans»; sélectionnez votre fichier en prenant le « filtre » correspondant (RIS, Refer/Endnote, ISI, Scifinder, SilverPlatter, Ovid, Medline, etc) et validez. Choisissez l'ensemble des références que vous désirez et terminez votre importation. Le système signale les doublons par la lettre « D », il vous propose de « Générer les clés » lors de l'importation. Vous avez aussi la possibilité d'interroger directement (via le menu e-migrinter n°3 2009 61 « recherche Internet) » les bases de données suivantes : Medline (spécialisée en médecine), CiteSeer (spécialisée en science de l'information et informatique), Arn (base de préprint en physique, mathématique, etc.), IEEEXplore (base de l'Institute of Electrical and Electronics Engineers). Une connexion Internet activée est bien entendu nécessaire. Mais la principale fonction est de pouvoir insérer votre bibliographie dans les documents que vous rédigez. Deux logiciels de traitement de texte sont principalement utilisés à l'ICMCB : « MS-Word » de Microsoft et Lyx (Berger Sabbatel, 2008). Pour l'utilisation de JabRef avec ces logiciels, vous devez au préalable installer le logiciel uploads/s1/ emigrinter2009-03-58.pdf