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Rmarkdown pdf Le langage R Markdown Christophe Lalanne Bruno Falissard Table des matières Introduction Les bases du langage Syntaxe et mise en forme d ? un document Génération du document ?nal Les options de personnalisation Gestion des ?gures et des tabl

Le langage R Markdown Christophe Lalanne Bruno Falissard Table des matières Introduction Les bases du langage Syntaxe et mise en forme d ? un document Génération du document ?nal Les options de personnalisation Gestion des ?gures et des tableaux Pour aller plus loin Références Introduction R Markdown o ?re une syntaxe simpli ?ée pour mettre en forme des documents contenant à la fois du texte des instructions R et le résultat fourni par R lors de l ? évaluation de ces instructions En ce sens il s ? agit d ? un outil permettant de produire des rapports d ? analyse détaillés et commentés plutôt que de simples scripts R incluant quelques commentaires Ce langage est basé sur Markdown Il s ? apprend très rapidement ne nécessite rien d ? autre qu ? un éditeur texte et il peut être utilisé sur le forum de discussion pour formater les messages en particulier les instructions ou les blocs d ? instructions R R Markdown v est la nouvelle implémentation disponible depuis dans le logiciel RStudio Initialement la possibilité de transformer du texte contenant des instructions R en document HTML ou PDF reposait sur les packages knitr et markdown mais à présent il n ? existe plus qu ? un seul package qui se charge de gérer la conversion des documents R Markdown extension Rmd ou rmd en documents PDF HTML ou DOCX Les principales di ?érences et les éventuels problèmes de compatibilité entre les deux versions sont décrites sur la page suivante Migrating from R Markdown v Les bases du langage Markdown est un langage permettant de baliser du texte simple à l ? aide de symboles prédé ?nis un peu à l ? image des balises HTML a ?n de produire une sortie enrichie avec des titres des paragraphes etc Il s ? agit donc principalement de rédiger un document de type texte dans un éditeur approprié éviter MS Word et d ? insérer des symboles simples a ?n de signaler les mots à mettre en surbrillance ou la délimitation des titres de section par exemple COn trouvera une description détaillée des caractéristiques du langage sur les sites suivants ?? Markdown Cheatsheet ?? The R Markdown Cheatsheet ?? Élaboration et conversion de documents avec Markdown et Pandoc Par ailleurs RStudio fournit un petit mémento des principales commandes cf le petit bouton d ? aide apparaissant à côté du bouton de compilation Knit HTML ou Knit PDF selon l ? option activée par défaut FIGURE ?? Barre d ? outils R Markdown Syntaxe et mise en forme d ? un document Les titres de sections sont pré ?xés d ? un ou plusieurs selon le niveau de profondeur du titre Par exemple pour un titre de niveau on écrira Titre de niveau alors que pour un titre de niveau on écrira Titre de niveau à ne pas confondre avec le symbole de commentaire des scripts R Au niveau des éléments de texte la mise en gras s ? e ?ectue en